Das Jubiläum der Kirche 2008 ist auf Engste mit dem der spätromantischen 100-jährigen Walcker - Orgel verbunden, die die größte ihrer Art in Norddeutschland ist. Die von dem Orgelbaumeister Oscar Walcker (1869-1948) aus Ludwigsburg in der Heiligen-Geist-Kirche in Rostock gebaute Orgel gehörte zu den modernsten und eigenständigsten Instrumenten ihrer Zeit. Die traditionsreiche Fa. Walcker stand in engem Kontakt zu den führenden französischen Orgelbauern und hatte sich durch ein neuartiges pneumatisches Tonerzeugungssystem einen Namen gemacht. Die Orgel wurde zugleich mit der Kirche fertig gestellt und am 26. April 1908 unter Anwesenheit des Großherzogs von Mecklenburg Friedrich Franz IV. und seiner Gemahlin geweiht. Heute gehört sie nach ihrer wechselvollen 100jährigen Geschichte zu den besonders interessanten Instrumenten der mecklenburgischen Orgellandschaft.

Als Orgel der Romantik war sie in ihrer ursprünglichen Konzeption dem damalig vorherrschenden Klangideal eines warmen, grundtönigen Orchesterklanges verbunden. In den Jahren 1968-1977 waren diverse Umbauten mit dem Ziel vorgenommen worden, die Orgel zu barockisieren. Typisch romantische Register wurden entfernt und andere barocke eingebaut. Systembedingte Material- und Fertigungsprobleme und die grundsätzliche Unvereinbarkeit zweier verschiedener Klangideale in einem engen Orgelgehäuse ließen den Entschluss reifen, eine grundsätzliche Rekonstruktion und Restaurierung der Orgel zu versuchen.

Im Jahre 2001 konnten diese Arbeiten durch die Fa. Scheffler, Sieversdorf (Frankfurt/Oder), abgeschlossen werden und der Orgel ihr wahrer romantischer Charakter zurückgegeben werden. Die Klangfarben reichen jetzt wieder von himmlisch schwebend über lieblich-zart bis zu einem markerschütternden Tutti.

Die typische Klangästhetik des ursprünglichen Instrumentes mit 2088 Pfeifen wird durch 41 Register auf drei Manualen und Pedal erreicht. Einen wesentlichen Anteil haben dabei die Gedackt (gedeckelten) - Register, die den charakteristischen lieblichen Ton erzeugen und ein nahtloses Auf- und Abschwellen des Klanges ermöglichen. Ein besonderer dynamischer Effekt wird durch eine so genannte Crescendo-Klangwalze erreicht, die ein kontinuierliches Hinzu- oder Abschalten von Registern ermöglicht.